依據科學技術基本法第6條第4項之規定，公立學校、公立研究機關（構）、法人或團體接受政府補助、委託或公立研究機關（構）依法編列之科學技術研究發展預算辦理採購，除我國締結之條約或協定另有規定者外，不適用政府採購法之規定。但應受補助、委託或主管機關之監督。

基本上國科會補助或委託本校辦理之研究計畫，絕大多數均為科研採購；經費是否可適用科研採購請先洽詢研究發展處

1.科學技術基本法
2.科學技術研究發展採購監督管理辦法
3.各機關(構)訂定科研採購作業規定參考事項
4.國立臺南大學科學技術研究發展採購作業要點

依據本校科學技術研究發展採購作業要點第2條規定，科研採購之小額採購金額，為未達新台幣100萬元之採購，並授權由需求單位辦理小額採購之訪價、審查、訂約、履約管理及核銷等事項。
其中，未達新臺幣60萬元之採購，得不經公告程序，由需求單位取得1家以上之書面報價(估價單)或企劃書，逕洽廠商採購。新臺幣60萬元以上未達新臺幣100萬元之採購，得不經公告程序，由需求單位取得1家以上之書面報價(估價單)或企劃書，經審查合格後，逕洽廠商採購。

1.科研採購依本校科學技術研究發展採購作業要點規定，採購金額新台幣100萬元以上需辦理公開招標或限制性招標。
2.因科研採購不適用政府採購法，不受政府採購法第48條第1次開標需3家合格廠商以上投標才能開標之限制。
3.科研採購之公開招標資訊，因不適用政府採購法，無法公告於政府電子採購網，招標資訊公告於本校科研採購網及國科會科研採購招標資訊公告專區。

1.採購單位就廠商資格條件進行審查。
2.最低標：由需求單位指派審查人員就廠商提供規格進行審查。
3.最有利標及小額採購（新臺幣60萬元以上未達新臺幣100萬元者）：需求單位應成立審查小組，經校長或其授權人員核定後，視採購案件之特性及實際需要，就符合資格廠商之技術、管理、商業條款、過去履約績效、工程、財物或勞務之品質、功能及價格等項目進行審查。
4.審查小組應由本校教師、編制內職員、校聘人員或校外專家學者3至5人組成。
5.審查應作成書面紀錄備查。

採購金額達100萬元以上之採購，符合下列情形之一者，得採限制性招標：
1.以公開招標方式辦理結果，無廠商投標或無合格標，且以原定招標內容及條件未經重大改變者為限。
2.屬專屬權利、獨家製造或供應、秘密諮詢，無其他合適之替代標的者。
3.遇有不可預見之緊急事故，致無法以公告審查程序適時辦理，且確有必要者。
4.原有採購之後續維修、零配件供應、更換或擴充，因相容或互通性之需要，必須向原供應廠商採購者。
5.屬原型或首次製造、供應之標的，以研究發展、實驗或開發性質辦理者。
6.在原招標目的範圍內，因未能預見之情形，必須追加契約以外之工程，如另行招標，確有產生重大不便及技術或經濟上困難之虞，非洽原訂約廠商辦理，不能達契約之目的，且未逾原主契約金額百分之五十者。
7.原有採購之後續擴充，且已於原招標公告及招標文件敘明擴充之期間、金額或數量者。
8.在集中交易或公開競價市場採購財物。
9.委託專業服務、技術服務或資訊服務，經公開客觀評選為優勝者。
10.以公告程序辦理設計競賽，經公開客觀評選為優勝者。
11.委託在專業領域具領先地位之自然人或經公告審查優勝之學術或非營利機構進行科技、技術引進、行政或學術研究發展。
12.配合受補助機構研究或研製計畫之需求特性、特殊功能，或其他專業性之財物及勞務項目，經受補助、委託或依法編列之科學技術研究發展預算機關(構)首長或其授權者核定。
13.其他報請受補助、委託或依法編列之科學技術研究發展預算機關(構)首長或其授權者核定。

依據國科會101年7月11日臺會企字第1010039461號函釋：「科學技術基本法第6條第4項規定『……不適用政府採購法之規定。……』之修法意旨為：若依『政府採購法』辦理科研採購恐有窒礙難行之處，故排除適用政府採購法，旨在促進科技研究發展之目的上使科研採購程序更具彈性。若……具體個案無上述問題時，尚非不得依『政府採購法』辦理該案之採購，但同一科研採購案件應自始運用同一種法規完成其採購程序。」是以國科會補助專題研究計畫之採購，得由主持人自行選擇採用科研採購或政府採購法，惟同一科研採購案件應自始運用同一種法規完成其採購程序。
而若依據「政府採購法」辦理採購，其後之爭議、救濟程序仍應依「政府採購法」規定辦理之。